En la auditoria pública se pueden distinguir cuatro tipos que se diferencian entre ellas por su alcance, profundidad y objetivos planteados.

Los cuatro tipos de auditoría pública son: las integrales, las específicas, las de evaluación de programas y las de seguimiento.

• Integrales: En este tipo de auditoría se evalúa la transparencia y forma en que se administraron los recursos asignados a la institución, así como su apego al presupuesto de egresos de la federación. Es importante que en este tipo de auditoría quede bien claro cuál fue el flujo de los recursos asignados a cada operación.
• Específicas: Este tipo de auditoría evalúa solo determinadas unidades administrativas, recursos, áreas o programas cuando existe interés público o cuando una autoridad superior requiere de informar o emprender acciones de tipo administrativo, penal o civil. Por ejemplo: cuando se duda del costo de algún monumento u obra pública.
• Evaluación de programas: Valorar los programas que el gobierno señala a una institución para comprobar que el presupuesto fue debidamente asignado, si se cumplieron los tiempos y si se lograron los objetivos establecidos.
• Seguimiento: Es aplicada por el órgano de control interno para verificar que se atiendan las recomendaciones, resultado de auditorías previas.

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